El Archivo General de Indias fue establecido en 1785 por Carlos III, unificando la documentación relacionada con las Indias, que estaba dispersa en varios lugares como Simancas, Madrid, Cádiz y Sevilla. José de Gálvez, secretario de Indias, fue el promotor del proyecto y Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo mayor de Indias, fue quien llevó a cabo su ejecución. Se eligió la Casa Lonja de Sevilla, un edificio construido en la época de Felipe II según planos de Juan de Herrera, como sede del Archivo.
Desde su creación, el Archivo ha reunido documentos de importantes instituciones relacionadas con las Indias, como el Consejo de Indias, la Casa de la Contratación, los consulados y las secretarías de Estado y de Despacho. Esta acumulación de documentos ha hecho del Archivo el principal depósito para el estudio de la administración española en el Nuevo Mundo, convirtiéndolo en «la meca del americanismo».
El Archivo alberga más de 43,000 legajos, ocupando ocho kilómetros lineales de estanterías, con unos 80 millones de páginas de documentos originales. Estos documentos cubren más de tres siglos de historia en un amplio rango geográfico que va desde Tierra del Fuego hasta el sur de Estados Unidos, incluyendo el Extremo Oriente español y las Filipinas.
Las colecciones del Archivo abarcan una gran diversidad de temas: desde el descubrimiento, exploración y conquista del Nuevo Mundo hasta la independencia de las colonias; desde las instituciones políticas hasta la historia de los pueblos precolombinos; y desde el comercio y tráfico marítimo hasta la expansión misionera y los aspectos de la Inquisición.
El Archivo General de Indias se ha convertido en un recurso indispensable para investigadores de todo el mundo, ofreciendo una visión comprensiva y documentada de la administración española en el Nuevo Mundo y contribuyendo significativamente al conocimiento de la historia.
La Lonja de Mercaderes, sede principal del Archivo General de Indias, fue construida entre 1583 y 1646 para albergar las actividades de los comerciantes de Sevilla, especialmente tras constituirse como consulado en 1546. Juan de Herrera, arquitecto real, diseñó el edificio, que más tarde fue modificado por arquitectos como Juan de Minjares, Alonso de Vandelvira y Miguel de Zumárraga. Estas modificaciones incluyeron innovaciones estructurales y estéticas, como el abovedamiento de la planta superior.
La Lonja experimentó periodos de declive y subutilización, especialmente después de que la sede del comercio ultramarino se trasladara a Cádiz en 1717. Sin embargo, su selección en 1781 como sede del Archivo General de Indias revitalizó el edificio. Luca Cintora realizó obras significativas de readaptación, respetando el diseño original de Herrera mientras modernizaba ciertos aspectos.
El edificio es de planta cuadrada con un patio central, dos alturas sobre lonja y está rodeado de columnas con cadenas. Las dos plantas abovedadas están conectadas por una escalera monumental. Recientemente, el Ministerio de Cultura ha realizado obras de remodelación para modernizar las instalaciones y crear espacios para exposiciones temporales y visitas guiadas.
La Cilla del Cabildo es la segunda sede del Archivo General de Indias y tiene una gran historia y variedad de usos previos. Construido en 1770 como almacén de grano para el Cabildo de la Catedral de Sevilla, este edificio fue diseñado por Pedro de Silva o Lucas Cintora. Se aprovechó un lienzo de la muralla interna de Sevilla para su construcción y una de las torres de la muralla forma parte del edificio.
La Cilla es un edificio de planta rectangular con dos plantas originales más dos adicionales añadidas en reformas posteriores. La fachada refleja el estilo de la Casa Lonja, enfrente, con un diseño que incluye zócalo, pilastras y entablamento de piedra sobre ladrillo.
A lo largo de los años, la Cilla ha tenido varios usos, incluyendo ser sede de la Real Compañía Asturiana de Minas y el Museo de Arte Contemporáneo de Sevilla. Fue catalogada como Bien de Interés Cultural en 1985. Desde su rehabilitación entre 2000 y 2005, la Cilla forma parte del Archivo General de Indias, albergando el Departamento de Referencias, la Biblioteca del Archivo, salas de conferencias e investigación y otros servicios.